На всякий случай уточню, что Намикадзе - это фамилия и соответственно клан отца Наруто, а Узумаки - фамилия и соответственно клан матери Наруто.
Предполагаю(в аниме так и не прозвучало ответа на вопрос), что Наруто дали фамилию матери, чтобы избежать лишнего внимания к нему и последующей за этим опасности. Все-таки четвертый хокаге известен по всему миру шиноби.