Росомаха из "Логана" это не тот же Росомаха из к/ф "Росомаха:Бессмертный", т.к. это уже другой таймлайн, который поменялся в "Люди икс:дни минувшего будущего", в связи с перемещением сознания Росомахи в прошлое. События других фильмов истории можно сказать, что обнулились.
После фильма "росомаха бессмертный"
Логан пребывает в нью Йорк где его встречают профессор Х и магнето и говорят что надвигается опасность.
Можно предположить что магнето покрыл кости и скелет Логана адамантием, так как он умеет управлять металлами (в том числе и адамантием)
Я бы ответил, что они просто выросли заново. Ведь Росомаха имеет способность к регенерации. Это доказывается не только способностью к восстановлению его "мяса" (как он восстановился после взрыва в Нагасаки), но и восстановлением его черепа после попадания в него пули от Страйкера (Люди Икс. Росомаха). Его скелет полностью состоит из адамантия. Вот и восстановился.