Тот случай, когда абсолютно уместен ответ: "Так сложилось исторически". )
Я думаю, в данном случае реальность первична по отношению к языку. Люди на момент формирования сознания и речи были разнополыми. Увидеть разницу между самцом и самкой в первобытном племени не трудно, она очевидна, не так ли?
Поскольку человеческое познание в своих первых формах было полностью антропоцентричным, то и все предметы первые люди наделили полом. Даже те, у которых не было похожих на человеческие вторичных половых признаков.
Ну и поскольку, возможно, существовал у нас единый праязык (или группа языков, у лингвистов нет единого мнения), то у самых важных существительных пол появился еще до того, как появились собственно языки.