Скорее всего причина в большом содержаний в воде растворенного двух-валентного железа. При окислений железо становится трех-валентным и мы наблюдаем его в виде ржавчины. Два способа борьбы:
Рассказываю из личного опыта: если при добавлении хлора или дехлорамина ( пероксидная соль) вода стала коричневой, мне на 21 кубовый бассейн достаточно 400-500мл, а может и меньше добавить 60% перекись водорода, вода на глазах ( пару тройку минут) станет обсолютно прозрачной.