Хорошо, давайте копнем глубже. Зачем нужны храмы? Чтобы общаться с божеством. Атеисты не верят в богов, и у них нет такой потребности. Зачем нужно духовенство? За контролем за чистотой религиозного учения, для того чтобы не допускать вольностей в его толковании, контролем над поведением верующих. Атеистам тоже это не нужно, они могут делать любые выводы научного, философского и этического плана из своего отрицания бога, никто им этого не запрещает.
Дух и душа не игнорируются атеистами, просто называются они в современной науке иначе: сознание, психика, социальные нормы, культура. А в поэтическом языке все это и называется духом и душой.