Понимают ли атеисты, что их дурят и атеизм - это обычная религия, но с полной подменой понятий?

Конечно понимают. Иначе откуда бы взяться такому ресентиментному запалу в стратегиях высказывания? 

"Атеистическая" позиция, всегда отличается односторонностью суждений, и натянутым логицизмом. 

Это эффект несчастного сознания которое может утвердиться лишь в перспективе декартовского Cogito. Cogito - это расщеплённая позиция высказывания субъекта, где одно "Я" мыслит, а другое существует. Что порождает собой расщепление между публичной и индивидуальной речью. 

Разумеется такой дискурсивный психоз (закорочение на содержании высказывания, и восприятие батареи абстракций в отрыве от контекста к ним воззвавшего) приводит к интеллектуальной фрустрации.

Оно и неудивительно, если взглянуть на то, как Атеистическая "мысль" уже как лет 200 повторяет одну и ту же шарманку. Она как минимум банальна..

"Бога нет, потому что мы не сможем осмыслить его природу, и в него нельзя ткнуть пальцем". Или: " Ха-ха, смотрите бабушка верит в Бога , ну как можно быть такими наивными?" Мы то живём в мире химии и физики, мы то не дураки. 

В общем ответ: Конечно тот кто называет себя "атеистом" уже попал в ловушку несчастного сознания, и европейской метафизики. они понимают что кругом ложь, но ничего не могут с этим поделать. 

P.S.  по существу же, сама перспектива оппозиции "теисты" ,"атеисты" есть вульгарное низведение вопроса веры, до уровня социальной идентификации, поэтому я бы избегал работы с этими понятиями ввиду их малой продуктивности (хотя здесь всегда будет развиваться аффект)

По-моему, в своем вопросе Вы сами смешиваете разные понятия. В атеизме действительно есть "признаки" религии (как и в коммунизме, альпинизме, филателизме и прочем), но он не является религией как таковой согласно самому определению данного термина, подразумевающему наличие веры в бога или богов.

Атеизм можно в определенном смысле назвать верой, но никак не религией.

Религия не просто система ответов на вопросы, на которые нельзя получить ответ из опыта. Религия представляет эти ответы в виде мифологии. И имеет систему ритуалов. И выводит этику из некоторых "указаний сверху".

Всего этого атеизм лишен.

И ещё:
В Советском Союзе религию запрещали законом и обязали всех быть атеистами. В современной России, практически, запрещают атеизм. :)

Инициативы эти и тогда и сейчас почему-то исходит от власти/правительства.
Вопрос - при чём здесь бог? :)))