Собственно Недра начинаются прямо под почвенно-растительным слоем.
Закон РФ "О недрах" от 21.02.1992 N 2395-1 прямо так и говорит в первом абзаце: Недра являются частью земной коры, расположенной ниже почвенного слоя, а при его отсутствии - ниже земной поверхности и дна водоемов и водотоков, простирающейся до глубин, доступных для геологического изучения и освоения.
Мне представляется, что каждый раз, когда вы копаете какую-нибудь яму, пройдя чернозём ( или тот тип почв, который в вашем регионе) вы добираетесь до тех самых недр Земли.