Это не чаты пропали, а проблемы с Вашим приложением на ПК.
Чаты пропадают только в одном случае - Вы сами удалили чат или покинули канал\группу.
Как решить проблему?
Удалите и снова установите официальное приложение Telegram - это должно решить проблему с отображением информации.
Иногда список чатов может медленно подгружаться из-за проблем с доступом к интернету.
P.S. Удаляя приложение с Вашего устройства, Вы не удаляете чаты - вся информация о Ваших подписках храниться на серверах Телеграм.