Как правило, если вы не снимаете частную собственность и на территории частной собственности, съемка разрешена. В противном случае должен быть запрещающий документ, постер, что-то, на что могут сослаться в случае предъявления претензий. Например, очень часто в парках встречаются объявления "не использовать квадрокоптеры".
Японцы сами большие любители фотографии, поэтому обычно проблем не возникает. Другой вопрос, что все-таки стоит уважать личные границы окружающих и не снимать, если вас об этом просят. Например, в Киото в районе Гион (где живут и работают гейши), просят воздержаться от съемки, т.к. излишнее внимание доставляет дискомфорт местным жителям.
Будьте вежливы, и тогда проблем не возникнет. Японцы вряд ли будут кричать, отбирать камеру и грозить судом. Если уж просят не снимать, соглашайтесь, извиняйтесь и идите дальше. Ну и "в лоб" не снимайте людей, это никому не понравится.