Когда появилась обязанность равнородного брака для знатных особ? Было ли оно в раннем средневековье?

Да этой обязанности толком никогда и не было. Даже в Российской империи (где, казалось бы. правила на данную тему установили строгие) по факту всё равно считали равнородными семьи правителей бесчисленных немецких государств, возникших после талейрановской медиатизации. Хотя всем было ясно, что это вчерашние князья и ниже, де-факто ни в коем случае никакая не ровня императору. А уж в других странах, как правило, на эти вещи смотрели и того проще, подобные правила нарушались постоянно.

Не надо преувеличивать значение всех этих формальностей. Фактически решение по тому или иному династическому браку всегда принималось исходя из двух моментов: какие выгоды это несёт и какие возможны риски, всё остальное оставалось на дальнем плане. Может, многие и были бы рады соблюдать реальную равнородность, но где ж взять супругов-то на всех тогда? Королям вообще сложно вменить что-то в обязанность, они на то и короли. Некие правила соблюдаются, пока остаются в рамках разумного.