Смотря какие районы конкретно сравнивать. Если, например, Барнаул и Горно-Алтайск, то в Горно-Алтайсе климат, конечно, мягче.
Но в Республике Алтай есть ещё высокогорные районы, приравненные к районам крайнего Севера, где суточные перепады температур могут быть 25 градусов по Цельсию. Температура ночью в июле может опускаться до 0, а в середине лета в горах может выпасть снег. Сравнивая с этими районами, однозначно в Алтайском крае климат мягче.