Животный мир реки Томь разнообразен. Раньше здесь водилось до 29 видов рыб. Но потом река обмелена и экология была нарушена. Сейчас река постепенно очищается и ситуация стабилизируется. Возвращаются такие рыбы, как хариус, ленок, осетр, таймень, пелядь, стерлядь. Некоторые из них находятся в Красной книге. Так же здесь водятся окунь, щука, карась, судак, язь, чебак, гольян, налим, вьюн, сиг, елец.
Растительный мир также богат и разнообразен. Леса, где протекает река Томь можно разделить на:
хвойные - сосна, ель, кедр, пихта,
лиственные - ива, липа, рябина, осина и береза.
Характерные травы : полынь, типчак, ковыль, эспарцет, тонконог.