У нескольких организаций и ИП одинаковый ip-адрес, свидетельствует ли это о дроблении бизнеса? Как доказать обратное?

Само по себе это ни о чём не свидетельствует: многие организации и ИП обслуживаются у одного аутсорсера (например, бухгалтера, юриста или маркетолога).

Если у налоговой уже есть подозрения и прямые доказательства дробления, то это может стать одним из косвенных доказательств, но не более чем. Чтобы минимизировать риски, можно пользоваться разными почтами и телефонами, иметь не совпадающие юридические и фактические адреса, не нанимать одних и тех же сотрудников в одну организацию после увольнения из второй.