Если обновление пришло от производителя Вашего кастома - можно ставить, проблем быть не должно.
Если обновление от производителя смартфона - в лучшем случае все модификации удалятся, в худшем - потеря данных/работоспособности.
Итого: уточните у производителя своего кастома в отношении конкретного обновления