Самое главное отличие в полномочиях. Генеральный директор представляет компанию целиком, а директор отвечает за конкретную функцию. Директоров много, а ген дир обычно один (правда недавно закон вышел, что ген диров тоже может быть несколько, но и в этом случае вопрос в зоне ответственности).