На первый взгляд и выражаясь простым языком. Это два взаимосвязанные понятия, но которые имеют свои отличительные черты.
Синергия подразумевают взаимодействие друг с другом. Например, как веса в механических часах.
Эмердженальность же выступает объединением чего-то с чем-то. Оказывая воздействие. Например, как силиконовая форма в которую заливают гипс, чтобы придать ей определенную форму.