Банкноты - это напечатанные на бумаге банковские обязательства, фактически бумажные наличные деньги, поскольку их выпускает центральный банк или группа банков, как в США.
Купюра строго говоря - это не сама бумажка, а указанная на бумажке стоимость (говорят, "нарицательная стоимость"). Стоимость может быть указана не только на наличных деньгах, но и, например, на облигациях. Поэтому можно сказать, что "облигации выпускались мелкими купюрами". Или же "в СССР банкноты выпускались купюрами достоинства 25, 10, 5, 3 и 1 рубль". Или "правительство выпускало казначейские векселя купюрами достоинства свыше 100 тыс. рублей".