Фильм начинается с известного эксперимента «Ящик Скиннера». Учёный помещал голубя в коробку, а специальный аппарат выдавал корм каждые несколько секунд. Подопытные птицы при этом не замечали закономерности, а пытались повторять одни и те же действия, которые, по их мнению, награждались кормом. Какой-то голубь хлопал крыльями, какой-то бил клювом об стенку. Птица могла ничего не делать и получать еду просто так, но она выбирала совершать некие манипуляции. Этот эффект позже назвали «голубиным суеверием», а в логике эта ошибка носит название «Рost hoc ergo propter hoc» («После» значит «вследствие»).
В мире людей всё намного сложнее. Однако Немо, обладающий даром помнить будущее, совершал тот же выбор, что и птицы. В отличие от голубя он заранее знал, чем закончится тот или иной вариант и какое поощрение его ждёт. И в этом есть первый посыл фильма «Господин Никто» — выбор остаётся сложным, даже если мы знаем все последствия всех вариантов. Поэтому главный герой чаще доверяется монетке, чем разуму или эмоциям.
Однако автор фильма ставит перед Немо ограничение. На результат выбора всегда будут влиять случайные непредвиденные факторы, как это было в сцене с поездом — некачественный шнурок порвался, обувь слетела, Немо остаётся с папой.
Разные линии жизни Немо приводят к неудовлетворительным результатам. Будучи старым, он говорит журналисту, что «каждая его жизнь была правильной». Для Немо любой вариант одинаково малоценен, так как он нигде не достигает желаемого счастья. Это второй важный посыл фильма — если бы мы знали своё будущее, мы бы всё равно выбирали неправильно.
Третий посыл — из двух зол лучше вообще не выбирать. В начале Немо выбирает между мамой и папой. Для него есть только два пути. В конце фильма он понимает, что есть третий вариант — не оставаться ни с кем. Кстати, его главный герой делает по собственной воле, не зная, что его ждёт. Тут режиссер как бы говорит нам, что воля важнее разума и эмоций, но мы ему не верим, так как предыдущие три часа эта тема вообще не затрагивалась.