Основные причины две
1) Реформа назрела, татарское иго и разрыв с Константинополем, затем смутное время, отсутствие системы образования нанесли по русскому православию тяжелый удар. Старые богослужебные книги, книги по каноническому праву, терялись, и переписывались с ошибками. Как следствия разночтения, потеря церковной дисциплины, и всевозможные искажения. Венцом этого, стало наверное "многогласное пение" во многих церквях - т.е. длинную службу священники делили на несколько частей и читали ее одновременно. Надо иметь в виду что царь Алексей был глубоко верующий человек, и искренни стремился навести порядок в церкви, желая ей всякого блага. Тем более ему было на что опереться - на прослойку наиболее образованного и ревностного священства, которое желало того же. Не стоит забывать чо у истоков реформ и "книжной справы" стояли не только никониане, но и многие будущие вожди раскольников.
Религиозно - политическое. "Москва - третий Рим", становление Москвы таковым после падения Константинополя, с возможностью в перспективе, занять главенствующее место в мировом православии. Первое по чести, среди поместных церквей. Отсюда желание уставы Русской Церкви, и богослужебными уставами более древних православных церквей.