Media Encoder использует то же ядро, что и Adobe Premiere. Если вы попробуете конвертировать в премьер, скорее всего, данный проект у вас тоже вызовет ошибку. Посмотрите, в первую очередь, на таймлайне, какие сегменты видео у вас в превью идут красными. Вполне возможно, там какая-то проблема. Более того, вы можете в самом видео не заметить ошибку, потому что программа просто там немного зависает, а на деле эту ошибку не проходит. Оптимально вообще найти этот эффект и удалить его из соответствующего файла.
Мог он также быть наложен и, к примеру, в After Effects, а потом интегрирован в Premierе. Иногда бывают ошибки, когда упало обновление софта, вы всё обновили, но Adobe внесла изменения в ряд фильтров, и старые фильтры у вас остались, но ядро их не понимает. Здесь, к сожалению, я вопрос заключается в том, чтобы последовательно просмотреть, где у вас вылезает косяк, удалить, а потом наложить заново и посмотреть результат.