Задайте вопрос по другому. Тело из клеток, клетки из молекул, молекулы из атомов, а дальше? Что находится в атоме между ядром и электронами? По имеющимся сейчас представлениям да, там вакуум, только не обычный, а физический. Также, стоит учитывать, что с точки зрения квантовой физики понятия "между" на таком уровне вообще отсутствует. Объекты на таком уровне описываются волновыми функциями, и имеют распределение в пространстве, т.е. обладают только вероятностью находиться в каком то объеме пространства. Так что однозначно ответить на этот вопрос сложно, потому что само определение материи сейчас сложно для восприятия. Почитайте про физический вакуум, энергетические уровни и т.д. на пальцах такие дела объяснить тяжело.