Точного ответа дать не могу, но в любом случае изначально нужно написать заявление о прекращении деятельности предприятия. А так же сразу поставить в известность налоговую и пенсионный фонд.
Сразу хочу предупредить, процесс ликвидации затратный и по времени довольно таки долгий. Потому что добровольно от своих денег они вряд ли откажутся, а это значит, что вас буду банкротить. Ведь как то обосновать свои издержки ввиду недополученных по вашей вине прибылей, они смогут только после того, как будет вынесено решение о том, что вы банкрот, торги прошли, и взять с вас больше нечего.
Лучше всего с этой задачей справиться сможет специальный человек, под названием: финансовый управляющий (он же конкурсный).
Вообще смотря какой у вас регион. Если Москва, Питер, Ростов - то подойдет альтернативная ликвидация ООО с внесением на баланс компании активов, для последующего урегулирования (вопроса что вы не нанесли ущерб своими действиями).
Если очень сильно законными методами - то прямое банкротство, но вероятность привлечения к субсидиарной ответственности очень велика.