Если говорить в целом об безопасности хранения компьютерных данных, то разделение диска на области для системы и личных данных повышает сохранность личных данных в случае проблем с операционной системой.
Если же хочется гарантированно обезопасить свои личные данные, то используйте резервное копирование на другие носители.