Как подключить в программе второй аккаунт?

Программа может управлять только одним Диском — принадлежащим одному определенному аккаунту. Если вы авторизуетесь с другим логином, будет создана новая папка Яндекс.Диска с именем «Яндекс.Диск – другой логин» и синхронизирована с Диском другой учетной записи (копия файлов предыдущего аккаунта будет сохранена).

Более подробную информацию вы можете прочитать в статье Может ли программа «Яндекс.Диск» работать с несколькими учетными записями?.