ВОЗ еще в середине марта 2020 года обратилась к правительствам всех стран с рекомендацией максимально расширить программы по тестированию населения на коронавирус SARS-CoV-2. Достоверное тестирование позволяет не только своевременно идентифицировать и изолировать инфицированных лиц, но и видеть объективную картину заболеваемости и летальности населения как в целом, так и по странам/регионам, возрастным и профессиональным группам, а также прогнозировать темпы распространения пандемии, на основе чего может корректироваться профилактика COVID-19 (усиление и ослабление карантинных мероприятий).
Однако, несмотря на такую позицию ВОЗ, проблема диагностики коронавируса остается в мире чрезвычайно актуальной, поскольку многие страны (преимущественно с низким уровнем экономического развития) не могут себе позволить массового тестирования населения даже на фоне роста заболеваемости и практикуют стратегию тестирования лишь лиц с подозрением на коронавирус или даже ограничившись тестированием только лиц из групп риска.
Еще одним и чрезвычайно важным аргументом по мнению ряда экспертов в пользу массового тестирования населения является возможность выявления прослойки лиц, переболевших коронавирусом, в том числе и бессимптомно или в легкой форме без обращения за медицинской помощью, на долю которых приходится около 80% людей, зараженных COVID-19. И такие люди могут спокойно вести привычный образ жизни и возвращаться к работе, что будет весомым вкладом к экономическому восстановлению.
Во многих странах предлагается не просто массовое тестирование, но и широко дебатируются необходимость введения, так называемых «паспортов коронавируса», «иммунных паспортов», «паспортов здоровья», «сертификатов/справок об отсутствии риска», которые будут выдаваться лицам, имеющим антитела к коронавирусу SARS-CoV-2. Этот документ будет являться основанием для свободного передвижения, несоблюдения карантинных мероприятий или других ограничений и позволит таким лицам свободно передвигаться и вернуться к работе. Паспорта здоровья уже выдают в Чили, но при этом документ не гарантируют, что его обладатель приобрел иммунитет к коронавирусу, а служат лишь подтверждением, что он уже переболел и может возвращаться к работе. Проекты об «иммунных паспортах» также рассматривают в Греции, Германии, США, Италии, Турции, но вопрос об их введении пока остается открытым.
Против такой паспортизации населения активно выступает ВОЗ, заявляя, что достоверных свидетельств, что лица имеющие антитела к коронавируса достаточно защищены от повторного заражения нет, также как и неизвестно какова длительность иммунитета, поскольку вирус недостаточно изучен. А введение таких документов может существенно увеличить риск распространения коронавируса.
Ниже приведены статистические данные по тестированию населения в различных странах (G20) по состоянию на 25 апреля 2020 года (источники: Роспотребнадзор, ourworldindata.org, Коммуникационный центр Правительства РФ по ситуации с коронавирусом, «Ведомости»):
В настоящее время практически во всех странах развернулась ускоренная разработка различных тест-систем и их производство.
Рассмотрим какие анализы на коронавирус сдают, на каких принципах они работают и их эффективность.
Диагностика нового коронавируса может проводится различными методами, начиная от классических — биологические пробы на лабораторных животных и культурах тканей, заражение куриного белка, бакпосев и другие методы, которые, к сожалению, являются достаточно сложными, дорогими и требующими длительного времени. В практике используются преимущественно два вида тестов на коронавирусную инфекцию: метод полимеразной цепной реакции и серологические методы (в том числе экспресс-тесты), определяющие наличие в крови антител к коронавирусу. На их основе и базируется та или иная система тестирования.
Это основной метод лабораторной диагностики коронавируса (так называемое молекулярное распознавание), являющийся своего рода «золотым стандартом», который обладает относительно высокой точностью, чувствительностью и типоспецифичностью, поскольку определяет генетический материал вируса (РНК) даже в случаях если в пробе присутствует всего несколько молекул РНК возбудителя.
Метод тщательно апробирован клинически на протяжении длительного периода и различных возбудителях инфекционных заболеваниях и широко применяется в медицине и биологических исследованиях. Более того, принцип метода позволяет провести диагностирование возбудителей инфекций, обладающих выраженной антигенной изменчивостью. В настоящее время полимеразная цепная реакция ДНК — это рутинный, ежедневно используемый основной метод лабораторного анализа, применяемый практически в каждой молекулярно-биологической лаборатории. Существует как классический вариант ПЦР, так и ее модификации.
Анализ полимеразной цепной реакции (стандартный и в режиме реального времени) основан на том, что определенный ген можно размножать в пробирке, при этом, увеличивая многократно количество его копий. Механизм ПЦР основан на синтезе коротких нуклеотидных последовательностей in vitro для их последующего анализа.
Для проведения ПЦР требуются пара праймеров (олигонуклеотидов), комплементарных исследуемому фрагменту, фермент ДНК-полимераза и нуклеозидтрифосфаты. При определенных условиях праймеры распознают комплементарные последовательности в структуре денатурированной ДНК, связываются с ними и являются затравкой для ферментативного синтеза копий конкретного участка изучаемого гена вируса.
Число копий фрагмента-мишени при каждом цикле синтеза удваивается, т.е. нарастает в геометрической прогрессии. Как показывает практика 25-35 циклов реакции в среднем дают достаточно амплификата для изучения материала даже из единичного фрагмента ДНК. Таким образом из последовательности РНК вируса выбирают определенный участок, специфичный для SARS-CoV-2 и его размножают.
Вариантом классического метода является полимеразная цепная реакция в реальном времени, в основе которой лежит общий принцип ПЦР. Отличием является то, что проведение полимеразной цепной реакции в таком варианте позволяет измерить (определить) количество амплифицированной ДНК в режиме реальном времени после каждого проведенного цикла амплификации, то есть, определить количество ДНК/РНК вируса в исследуемом материале.
К дополнительным преимуществам относятся отсутствие стадии электрофореза, регистрация и интерпретация полученных результатов в автоматическом режиме и менее строгие требования к ПЦР-лаборатории, что значительно упрощает весь процесс. Центр контроля заболеваний (CDC) разработал полимеразную цепную реакцию с обратной транскрипцией в реальном времени для диагностических целей.
ОТ-ПЦР — это основной метод амплификации специфического фрагмента РНК, то есть, одноцепочечную молекулу РНК превращают в комплементарную ДНК (cDNA) методом реакции обратной транскрипции и затем одноцепочечную молекулу ДНК амплифицируют методом традиционной ПЦР. То есть обратная транскрипция позволяет перевести РНК-геном коронавируса в ДНК, и затем с ней можно производить транскрипцию вирусных мРНК или новых геномных РНК.
Обратная транскрипция в клетке, по сути, является важнейшим и необходимым этапом жизненного цикла коронавирусов, как и всех других РНК-вирусов и именно такая способность клетки характерна для многих РНК-вирусов. Поясним: вирус проникнув в клетку теряет свою оболочку и содержимое вируса смешивается с содержимым цитоплазмы клетки хозяина. Следующей задачей является интегрирование генетического материала вируса, который находится в виде РНК с геномом клетки-хозяина, который содержит ДНК, чего и позволяет добиться способность к обратной транскрипции (процесс подготовки/синтеза РНК в двуцепочечную спираль ДНК).
Термин обратная транскрипция РНК-вируса происходит из того факта, что типичным алгоритмом работы клетки является ДНК-транскрипция в РНК — затем трансляция РНК в белок по исходным данным с РНК. В нашем же случае «переписывания» информации осуществляются в обратном порядке (с РНК в ДНК). При обратной транскрипции синтез ДНК проводится с использованием ферментов (фермент ревертазы на матрице РНК), что позволяет получить первую цепочку к ДНК. А далее ее фрагмент может быть амплифицирован с помощью ДНК полимеразы. При этом стадии этих процессов имеют множество разных вариантов исполнения. Центр контроля заболеваний (CDC) в США для диагностических целей разработал метод ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени, который уже широко используется во всех странах.
В марте 2020 года в ФНКЦ ФХМ ФМБА России разработана тест-система Поливир SARS-CoV-2, базирующаяся на выявлении РНК SARS-CoV-2 методом ПЦР с обратной транскрипцией в пробах из мазков из носа, ротоглотки, секрета бронхов, аспирата трахеи, крови мочи, сыворотки больных нуклеиновых кислот. Также можно обследовать лиц, не являющихся контактными и не имеющих симптомов заболевания. Вариант этой тест системы EXPRESS позволяет выделять РНК (экспресс тест) всего за 15 минут, а полный анализ будет готов за 90 минут. При этом, высокая чувствительность тест-системы позволяет определить нуклеиновые кислоты в очень низких концентрациях.
Также аналогичную высокочувствительную диагностическую тест-систему систему Поливир SARS-CoV-2 разработала компания НПФ Литех, которую выпускают в базовом варианте и EXPRESS. Тест адаптирован для работы на популярных моделях амплификаторов и предусматривает возможность контроля мутаций вируса, что позволяет снизить риск ложноотрицательных ответов.
Относительно новый метод в молекулярной биологии, приобретающий в все большую популярность для диагностики различных патогенов. В отличие от ПЦР, амплификация РНК/ДНК происходит при температуре около 65°С с использованием 4-6 праймеров. Петлевая изотермальная амплификация отличается высокой чувствительностью, специфичностью и быстротой выполнения, не требует дорогостоящего оборудования, а детекция результатов реакции может проводится невооруженным глазом. Изотермальная ПЦР при диагностике РНК-вирусов позволяет осуществлять процесс обратной транскрипции и амплификации без переноса жидкости в одной пробирке.
Метод LAMP разработан как упрощенная и удешевленная альтернатива диагностики методом классической ПЦР. В России компания Медико-биологический Союз Генериум выпустила набор реагентов для тест-системы Изотерм SARS-CoV-2 РНК-скрин для выявления РНК SARS-CoV-2, в котором используется метод петлевой изотермальной амплификации. Использование этой технологии сокращает время анализа образцов практически в 3 раза. Метод LAMP нашел применение и в экспресс тест-системах Смартлайфкеа, которые реализует совместная российско-японская компания Эвотэк-Мирай геномикс. Тест позволяет, по сообщению разработчиков, определить наличие вируса у человека на самых ранних стадиях с абсолютной (100%) точностью, а технология пригодна для работы в публичных местах — школы, офисы, аэропорты, вокзалы.
При поддержке инфраструктурного центра HealthNet «Медико-биологический Союз» разработал экспресс-тест, который за 15 минут обнаруживает заражение коронавирусом. Разработчики завершили тестирование макета устройства (анализатора) и теперь создают опытный образец, который будет готов осенью 2020 года. Компактный и недорогой анализатор быстро и точно диагностирует «на месте» без лаборатории. Выявление вируса проводится с помощью изотермальной полимеразной цепной реакции. Метод, который используется в устройстве, универсальный, поскольку выявляет ДНК и РНК вирусов, поэтому пригоден для диагностики других инфекций. Для поиска молекулы РНК коронавируса ученые создают фрагменты ДНК, которые связываются с РНК в растворе. Специальный фермент определяет молекулы РНК и ДНК. По интенсивности их свечения, за счет флуоресцентного красителя, прибор выявляет наличие РНК коронавируса. В компании «Медико-биологический Союз» разработали особый фермент, который ускоряет реакцию в анализаторе, поэтому время анализа составляет 15 минут.
В целом ПЦР является унифицированным методом диагностики коронавируса на всех его стадиях исследования и обработки любого биоматериала с автоматизацией всех процессов «размножения» фрагмента ДНК и последующей его детекции как продукта реакции. При использовании современного оборудования и реагента возможно провести полный анализ в течении от нескольких часов до одного дня.
В настоящее время многие специализированные компании начали выпуск улучшенных наборов реагентов для выявления коронавируса. Так, компания ДНК-Технология резко увеличивает выпуск современных приборов и наборов реагентов для исследований на базе ПЦР. Кроме того, начинается выпуск роботизированных станций, позволяющих автоматизировать диагностику коронавирусной инфекции (автоматический иммунофермент-анализатор), в которых используется набор реагентов коронавируса российского производства. Гибкая настройка COVID-комплекса позволит автоматизировать поток обработки от 600 образцов в сутки, и при масштабировании этого процесса можно будет обрабатывать десятки тысяч образцов в сутки.
Серологический анализ коронавируса основан на обнаружении в крови антител к SARS-CoV-2, которые вырабатывается в организме в процессе болезни. Метод позволяет выявить типоспецифические антитела именно к этому виду коронавируса, поскольку по результатам серологического и филогенетического анализа коронавирусы делятся на несколько групп. Как показал филогенетический анализ коронавируса SARS-CoV-2 обнаружены 3 его основных модификации, соответствующие разнице в трансформации цепочки аминокислот РНК, условно обозначаемыми типами A, B и C, что в определенной мере соответствует их географическому расположению. Типы A и C встречаются преимущественно в Европе и Америке, а в странах Восточной Азии распространен тип B.
Дополнительным преимуществом анализа на антитела к коронавирусу является возможность обнаружить антитела у переболевших COVID-19. В этом иммуноферментный анализ имеет преимущество перед методом ПЦР, который может работать лишь при присутствии возбудителя на слизистой носо/ротоглотки. То есть, серологические тесты позволяют отслеживать бессимптомно переболевших людей (идентификация которых практически невозможна) и выявлять контактных с ними лиц. Также информация теста на антитела может быть полезна и при поиске/выборе уже переболевших или выздоровевших пациентов с высокой концентрацией антител в крови, которые могут быть потенциальными донорами плазмы, использующейся для лечения тяжелобольных пациентов. Тестирование вакцины также может проводится с использованием серологических методов.
Суть теста на коронавирус серологическим методом состоит в выявлении антител IgG к COVID 19 методом иммуноферментного анализа (ИФА, ELISA) базирующегося на принципе иммунного взаимодействия между антителом (защитный белок, продуцируемый в организме человека для защиты от антигена) и антигеном (патогеном) с последующим образованием специфического комплекса антиген-антитело (антитела всегда типоспецифичны и связываются лишь с определенными чужеродными для организма антигенами). То есть, серологический тест устанавливает есть ли антитела к SARS-CoV-2 или отсутствуют.
Важно учитывать, что антитела к коронавирусу IgG вырабатываются в организме у человека лишь в срок с 7 по 14 сутки от момента попадания коронавируса в организм, то есть антитела у переболевших COVID-19 могут быть выявлены лишь после этого срока. Тестирование на антитела рекомендуется проводить дважды с интервалом между ними не менее 14 дней, поскольку, по определению ВОЗ, наличие одного положительного результата серологического анализа, отобранного у бессимптомного контактирующего лица, не позволяет такой случай считать подтвержденным, как и вероятным случаем заболевания.
Если вырабатываются антитела, то есть при исследовании нашли антитела IgG (тест положительный) для подтверждения или исключения присутствия коронавируса в организме человека, рекомендуется провести ПЦР-тест. И если результат ПЦР-теста отрицательный можно говорить об уже перенесенной коронавирусной инфекции.
Более усовершенствованной модификацией ИФА является иммунохемилюминесцентный анализ (ИХЛА), базирующийся на том же принципе — наличие реакции «антиген-антитело», но для проведения которого разработаны автоматизируемые комплексы (MAGLUMI 2000/4000) позволяющие снизить время получения ответа до 20-40 минут.
Благодаря значительным усилиям в апреле, Россия вышла на второе место в мире по охвату населения тестированием на коронавирус.
По состоянию на 03.06.2020 в России проведено более 11,4 миллионов лабораторных исследований и Роспотребнадзор продолжает увеличивать количество исследований биологического материала. Согласно плану в коне мае 2020 года удалось достигнуть показателя в 300 тыс. тестирований в сутки.
Исследования на COVID-19 проводятся во всех субъектах РФ на базе центров гигиены и эпидемиологии, научных организаций, а также лабораториях государственных медицинских организаций и негосударственных (частных) лабораторий, а статистические данные (сколько сделано исследований) являются открытыми, их можно найти на сайте Роспотребнадзора здесь, в том числе сколько тестов на коронавирус сделали в разрезе субъектов РФ.
По состоянию на 30 апреля тестирование проводят 106 лабораторий Роспотребнадзора, 66 частных лаборатории и 364 лаборатории, располагающихся при государственных медицинских организациях.
Какие лаборатории делают исследования? Проводить иммуноанализ имеют право частные/государственные лаборатории, которые оснащены всем необходимым для работы с микроорганизмами определенного уровня патогенности — лаборатории анализов коронавируса должны иметь уровень безопасности BSL-3. Пока тесты делаются преимущественно больным, лицам с подозрением на коронавирус, вернувшимся из-за границы и лицам, контактировавшими с ними и для врачей, лечащих пациентов с COVID-19. Тест в таких случаях бесплатный, независимо от того положительный он или отрицательный. Однако в ближайшие недели некоторые частные лаборатории коронавируса в России планируют запустить услугу сдачи биоматериала на тест коронавирусной инфекции по собственному желанию.
Ведутся интенсивные работы по созданию и производству компактных переносных диагностических мини-лабораторий, что позволит тестировать пациентов в поликлинике и даже дома. Многих интересует вопрос, можно ли сдать и где сдать тест на коронавирус или где пройти тест на коронавирус и делают ли их по желанию человека на платной основе? Данный вопрос практически решен. По сообщению главы Центра молекулярной диагностики Роспотребнадзора Е. Тивановой стоимость теста на дому будет ориентировочно составлять 1250 рублей без учета оплаты за выезд медицинской бригады, то есть, конечная цена анализа будет зависеть от дальности местонахождения человека от центров тестирования.
К этому процессу планируют присоединиться и частные медицинские компании, например, «Инвитро», которая объявила о начале тестирования на антитела к коронавирусу SARS-CoV-2 со второй половины мая, а стоимость сдачи анализа и проведения теста будет варьировать от 950 до 3500 рублей без учета стоимости взятия биоматериала. Предполагаемый объем — до 200 тыс. тестов в месяц. Тест можно будет сдать самостоятельно в клинико-диагностических лабораториях компании в Москве, Санкт-Петербурге, в Новосибирске, Челябинске и Самаре. Адреса, где можно пройти, как сдать и сколько стоит анализ будут указаны на сайте компании.
Услугу «домашнее тестирование на коронавирус» в ближайшее время планирует запустить и «Яндекс». Вначале этой услугой могут воспользоваться лишь лица после 65 лет и только в Москве, а позже эта услуга, позволяющая проходить тест, станет доступной и для жителей других регионов. Заявку на тест-исследования и время его проведения можно оставить на сайте help.yandex.ru, а оплатить тест можно, как для себя, так для лиц, кто себе этого не может позволить, после чего к вам приедет специалист для отбора анализов. На следующих этапах планируется запуск услуги по доставке тестов на антитела к коронавирусу, с помощью которых можно будет выявить наличие иммунитета (антител) к COVID-19. Платные тесты в апреле начали проводить и лаборатории «Хеликс» и «Гемотест».
Очевидно, что это только начало и тенденция оказания такого вида услуг будет быстро возрастать, что позволит проходить тестирование значительно большему количеству людей. Аналогичные лаборатории создаются практически во всех крупных городах РФ, таких как Казань, Ростов, Нижний Новгород, Краснодар, Екатеринбург и другие. В ближайшее время достаточно будет набрать запрос в поисковике, например, «где сделать тест на коронавирус в Москве или где сдать анализ на коронавирус в Спб или других городах РФ» и можно будет получит указания на пункты тестирования или лаборатории, оказывающие такую услугу и адреса где можно пройти тестирование.
Также разрабатываются несколько максимально упрощенных экспресс-тестов, позволяющих получить ответ на наличие коронавируса в организме человека практически сразу. Для этой цели может использоваться метод экспресс-диагностики, использующий иммунохроматографический анализ на коронавирус у человека (ИХА), а время оценки результата варьирует в пределах 5-15 минут. Для этого вида анализа используются индикаторные бумажные полоски, панели, палочки, или тест-кассеты, обеспечивающих высокую скорость проведения тестирования. В основе технологии — растворимые моноклональные антитела к исследуемому антигену или конъюгированные с красителем (коллоидным золотом), который легко можно идентифицировать даже в минимальных концентрациях. Антитела наносятся вблизи участка нанесения на тест-полоски биологического материала (кровь). Или как вариант — поликлональные антитела к исследуемому антигену, которые жестко иммобилизованы в тест-зоне полоски. То есть, в принципе это тест-полоска, на которую наносится несколько капель крови и практически сразу получаем ответ – «да» ли «нет».
Однако диагностика нового коронавируса при помощи иммунохроматографических тест-полосок имеет целый ряд недостатков, касающиеся надежности и чувствительности, что зависит от качества моноклональных антител, используемых в тесте, а также от концентрации в биоматериале антигена, что в свою очередь зависит от количества биоматериала и стадии заболевания. Тем не менее работа над такими тест системами активно продолжается.
Группа исследователей из Массачусетского технологического института и Института Брода (Центр биомедицинских и геномных исследований) создала бумажные тест-полоски на основе системы CRISPR, которые позволяют определить возбудителя по ДНК. CRISPR — это технология редактирования геномов и возможность разрезать нуклеиновую кислоту в определенном месте. В настоящий момент этот метод исследуется для возможности обнаружения вируса SARS-Cov-2. Образец РНК превращают в реакции обратной транскрипции в кДНК (комплементарная ДНК) и амплифицируют одноцепочечную ДНК. Если в образце есть РНК из SARS-CoV-2, то комплементарная ДНК связывается с белком Cas12a, который режет меченную флуоресцеином ДНК. Расщепленная ДНК дает флуоресцентный сигнал, который обнаруживается на бумажной полосе портативным аппаратом. Этот метод пока не протестирован на материале больных. В технологии, по которой редактируется геном, CRISPR Сas9 используется белок Сas9. Он может точно различать близкие по строению РНК. Механизм действия CRISPR/Cas-систем прост — при попадании вируса в организм, в данном случае в клетку, он обнаруживается белком Cas, который использует синтезированную CRISPR РНК-копию. Белок Cas9 узнает и связывается с синтетической СRISPR РНК («гид»). Белок Cas9 и РНК-гид могут направленно узнавать ДНК.
Многих интересует вопрос можно ли купить тест на коронавирус в каком-либо учреждении, в том числе и в аптеке? К сожалению, купить экспресс тест ни в аптеке, ни в каком-либо другом учреждении на сегодняшний день нельзя. Кроме того, Роспотребнадзор подчеркивает, что диагностика коронавирусной инфекции может проводится с использованием исключительно тест-систем, зарегистрированных официально в России, которые в сети интернета и аптек не продаются, а использование незарегистрированных систем категорически не рекомендуется.
В России на сегодняшний день зарегистрировано несколько отечественных тест-систем для исследований на коронавирусную инфекцию. Еще большее количество находится в стадии разработки, апробации или регистрации.
Зарегистрированные и используемые в России тест-системы обладают максимально возможной чувствительностью, что позволяет выявлять в реакции даже единичные копии вируса (точность порядка 95%, а погрешность обусловлена такими факторами как неправильный отбор образца биоматериала, нарушения в транспортировке/хранении образца и тестирования за пределами диагностического окна).
Организации уже зарегистрировавшие тест-системы по состоянию на 12 мая 2020 года:
Тест ОТ-ПЦР Cobas SARS-CoV-2 Test от Roche Group предназначен для качественного определения нуклеиновых кислот в биоматериале из носоглотки и ротоглотки. Тест выполняется на приборе Cobas, пропускная мощность которого — 4128 тестов в сутки. Результаты готовятся 3 часа 30 мин.
Abbott ID NOW Covid-19 test — тест американской химико-фармацевтической корпорации Abbott Labs. Для выявления нуклеиновых кислот вируса используется технология изотермальной амплификации. Отличается уникальной скоростью выдачи результата от 5–13 минут (в случае отрицательного ответа). Тестирование выполняется на специальном приборе.
Выявление коронавируса SARS-CoV-2 методом ПЦР контактным лицам и пациентам с подозрением проводится сразу после первичного осмотра. Биологический материал для лабораторного исследования (мазок на коронавирус) отбирают из двух локаций: из носоглотки и/или ротоглотки. Почему берут мазок из носо-ротоглотки? Это вызвано тем, что коронавирус предается преимущественно воздушно-капельным путем и именно в носоглотке вирус размножается. Поэтому в мазках из носоглотки можно определить его наличие в организме человека.
Важнейшим условием выделения вируса является правильность забора мазков на коронавирус и своевременная доставка их в лабораторию. Для отбора проб биологического материала, его транспортировки и хранения используется специальный стерильный сухой зонд-тампон (ПС+Виск).
Техника взятия мазка из зева и из носа несложная, но тем не менее ответственная. На рисунке ниже показано как правильно держать зонд и как правильно брать мазок.
Алгоритм и правила отбора:
Отбор биоматериала с ротоглотки проводится с задней стенки ротоглотки вращательным движением, не допуская при этом касания зондом языка. Конец зонда отламывают и помещается в плотно закрывающиеся специальные пробирки с раствором. Необходимо следить, что бы слизь в мазке не присутствовала в большом количестве, поскольку это может затруднить исследования или же взятый материал потребует специальной обработки (растворение слизи путем добавления специальных веществ).
Пробы берутся один раз. Не менее важным вопросом является условия хранения и доставки биоматериала в лабораторию, которая должна осуществляться в специальном термоконтейнере или термосе при температуре в пределах от +2 до +8 °С в течение 24 часов.
Таким образом, взятие мазка на коронавирус — процедура не сложная и как правило, неприятных ощущений у человека не вызывает. Однако, для минимизации ложноотрицательных результатов рекомендуется за 24 часа исключить прием алкогольсодержащих напитков, за 4 часа—не полоскать ротовую полость антисептическими средствами и за час исключить прием пищи и курение.
Забор биоматериала должен проводить лишь медицинский персонал с соблюдением всех правил безопасности (с использованием средств индивидуальной защиты). Мазок на коронавирус можно сдать в специализированных медицинских учреждения, а также на дому при посещении людей с характерной симптоматикой или лиц, контактировавших с больными COVID-19 или в местах контроля за прибывающими лицами, например, в аэропорту.
Оптимальный вариант — в течении первых 7 суток. Следует учитывать, у коронавируса «окно» активной репликации короткое и на 10 день генетический материал вируса в мазках из этих локаций может не обнаруживаться, поскольку инфекция опустилась ниже и искать его надо в бронхах, исследуя мокроту и промывные воды бронхов.
Подготовка биоматериала к проведению анализа и его проведение занимают в зависимости от используемого оборудования и реагентов при классическом методе ПЦР в среднем 24-48 часов.
При использовании этого метода результат мазка на коронавирус можно узнать в течении от нескольких часов до одних суток. Как правило, узнать результат можно удаленно по телефону или получив его на свою электронную почту.
Согласно приказу Роспотребнадзора «О требованиях к лабораторным исследованиям на новую коронавирусную инфекцию», ПЦР-тестирование проводится лишь в лабораториях, имеющих лицензию на работу с инфекционными возбудителями заболеваний человека II степени потенциальной опасности, что соответствует уровню безопасности BSL-3, а таких лабораторий в РФ немного. Временные методические рекомендации МЗ РФ по диагностике и лечению коронавирусной инфекции 2019-nCoV содержат указание, что все образцы отобранных биологических материалов направляются в обязательном порядке в организацию Роспотребнадзора или же в Центр гигиены и эпидемиологии РФ. Одной из таких организаций является ГНЦ ВБ «Вектор».
К сожалению, обратиться самостоятельно в тест-центр и лаборатории Роспотребнадзора для сдачи анализов на коронавирус методом ПЦР не получится. Для этого необходимо как минимум направление врача, а обследование проводится исключительно по показаниям при госпитализации пациента. При наличии направления врача пройти ПЦР-тест на коронавирус в Москве кроме государственных центров можно и в трех частных лабораториях компаний «Хеликс», «Гемотест», «Медси». Но уже в апреле в России резко расширяется сеть таких лабораторий. В частности в Москве и области уже оснащены 7 лабораторий роботизированными автоматическими станциями производства Швейцарии Microlab Starlet, предназначенные для выделения нуклеиновых кислот, а также процессорами магнитных частиц и ПЦР-амплификаторами в реальном времени (CFX96/Bio-Rad), что позволяет увеличить количество исследований, повысить их точность, сократить время диагностирования и снизить нагрузку на персонал.
Инновационный экспресс-тест на COVID-19 разработан на базе технологической платформы с использованием петлевой изотермальной амплификации ведущей российской фарм-компанией «Генериум» (Новосибирск), входящий в группу компаний «Медико-биологический союз» (МБС). Этот тест позволяет определить наличие коронавируса в течение 40 минут с точностью до 95%, включительно с подготовкой проб.
Биологическим материалом для методов ИФА является кровь из вены. Далее кровь на антитела в лаборатории обрабатывают (удаляют форменные элементы крови — готовится сыворотка), которая и используется непосредственно для исследования. Для минимизации ложно-положительных или отрицательных результатов рекомендуется биоматериал сдавать натощак.
Методика определения реакции «антиген-антитело» несложная: для этого образец подготовленной биологической жидкости помещают в планшет, в котором содержатся очищенные антигены SARS-CoV-2 и смотрят за реакцией. Если в сыворотке присутствуют антитела — происходит образование иммунного комплекса, что визуализируется путем добавления специального красящего вещества, вступающего в ферментную реакцию с иммунным комплексом. А с помощью инструментальной оценки оптической плотности делается вывод о результатах анализа.
Чаще проводится тест с одним видом белка, продуцируемого вирусом, но некоторые компании, в частности CDC проводит два теста ELISA с двумя разными белками SARS-CoV-2. При положительной реакции на один из них проводится микронейтрализация, тест на которую является высокоспецифичным, но достаточно трудоемким и длительным.
Существует 2 метода ИФА: качественный, определяющий наличие или отсутствие антител и количественный, позволяющий определить концентрацию антител в крови человека. Проводятся методы путем добавления подходящего для детектора субстрата и сравнения сигнала исследуемого вещества со стандартизированным образцом с использованием калибровочного графика.
Результаты анализов на коронавирус (концентрация антител) может выражаться конкретным числовым значением или же определенным (от одного до нескольких) количеством знаков «+», трактуемые как отрицательный/слабоположительный/положительный/резко-положительный результат теста на коронавирус. Еще одним количественным показателем серологического теста является индекс авидности антител (прочность связи между антигеном и антителом), который выражается в процентах. Этот показатель позволяет определить срок от начала инфекционного процесса (чем выше показатель индекса — тем более длительный срок).
Сроки готовности результатов ИФА после забора крови по времени составляют в среднем 1–2 суток. Однако, уже разработаны новые современные экспресс-тесты на коронавирус на основе ИФА, время теста в которых сокращено и срок анализа составляет 2–3 часа, а некоторые производители сообщают, что они смогут еще сократить время анализа.
Есть ли тест на коронавирус с определением антител в течение нескольких минут и которые могут определяться переносными устройствами? Да, начиная с февраля многие компании анонсировали свои экспресс тест-системы на определение антител к COVID-19, позволяющие произвести иммуноанализ без отправки в лабораторию, используя передвижные установки, в том числе и военные, то есть, можно получить ответ на месте.
Так, компания «BioMedomics» (США) заявила, что ими разработан экспресс-тест на антитела IgM/IgG, результаты которого (ответ) можно получить уже через 15 минут, а отбор крови можно производить из пальца. О выпуске тест-системы для экспресс-диагностики (ТЭД) уже заявило множество компаний. Например, разработанный компанией Dynamiker (КНР) тест для экспресс-диагностики DNK-1419-1, который с высокой точностью (92%) позволяет определить наличие антител IgG и IgM у пациента. Другая компании КНР Guangdong Hecin-Scientific также разработала и экспресс тест с чувствительностью к иммуноглобулину IgG 87,9 % и к IgM 97,2 % и специфичностью 100 % для обеих групп антител. Компания PCL (Ю. Корея) объявила о создании экспресс-теста Ag GICA Rapid на основе выявления антител, который способен давать ответ в течение 10 минут.
«Национальный БиоСервис» — первый в России исследовательский биобанк, который занимается биомедицинскими исследованиями и предоставляет лабораторные услуги по изучению биоматериалов. Имеет высокотехнологичную лабораторию, проводящую обработку и анализ биоматериалов. В конце марта руководство биобанка сделало заявление о том, что приступает к разработке экспресс-теста на антитела к SARS-CoV-2 совместно с инновационным центром «Сколково». Тест за 10 минут по капле крови позволит выявить инфекцию, его можно делать без специального оборудования и в любом месте. Разработка надежных тест-систем важна для противоэпидемической работы в будущем, поскольку тесты за несколько минут будут определять наличие защитных антител и восприимчивость к новому заражению.
Сокращение срока изготовления тестов возможно за счет использования тканевых микрочипов — это набор различных тканей. Разработка тестов требует создания панелей образцов от переболевших пациентов. Поэтому планируется создать набор образцов биоматериала больных для последующей оценки эффективности тестов. Для создания референтной модели важно расширить сотрудничество с медицинскими организациями, которые занимаются исследованием нового коронавируса и руководство биобанка просит предоставить ей доступ к биоматериалам. В начале апреля первая партия наборов, произведенных в «Сколково» уже доставлена в Саратовскую область. Сколковская компания DRD Biotech (Бурятия) будет заниматься разработкой экспресс-теста, который будет стоить недорого и его можно использовать в домашних условиях. По предварительным данным, со слов директора Анжея Жимбиева тест будет готов в июле. Данная лаборатория разработала диагностический тест для определения ишемии, который уже зарегистрирован. Теперь в планах разработка теста на коронавирус.
Genetico (Центр Генетики и Репродуктивной Медицины) и Институт молекулярной биологии (ИМБ РАН) в начале апреля 2020 года подписали договор о разработке и внедрении теста для выявления в крови антител к коронавирусу SARS-CoV-2. Тест будет определять больных (в стертой и бессимптомной форме) и переболевших. Исследования проводятся в нескольких лабораториях. Кроме лаборатории Генетико и ИМБ РАН, участие принимают лаборатории НИМЦ Гематологии и института Биоинженерии. В планах разработать экспресс-тесты для личного использования каждым желающим и тест-систему для лабораторий. Директор Центра «Genetico» планирует, что вывод тест-системы на рынок займет 6 недель.
Проявление COVID-19 широким спектром клинических форм и степенями тяжести требует своевременного выделения групп пациентов, у которых заболевание с высокой вероятностью может протекать в тяжелой форме. С этой целью необходимо определение соответствующих биомаркеров (характеристик, служащих индикатором состояния организма) и их анализ. К наиболее часто используемым биомаркерам в практике относятся результаты клинического или биохимического анализа крови. Для каждого заболевания существуют характерные биомаркеры. Применительно к коронавирусной инфекции СОVID-19 важно выявить маркеры, которые коррелируют с разными степенями тяжести течения заболевания и важно определить их своевременно, чтобы предупредить осложнения/прогрессирование заболевания в тяжелую форму. К ним относятся:
К лучевым методам относятся рентгенологическое обследование и компьютерная томография, применяются для первичной диагностики пневмонии при COVID-19, оценки динамики в процессе лечения, определения показаний к переводу в реанимационное отделение.
Назначают при подозрении на инфекцию, если нет возможности выполнить КТ легких. Покажет ли рентген характерные изменения в легких?
Нужно отметить, что рентгенография имеет низкую чувствительность при начальных изменениях в легких. Поэтому рентген при коронавирусе не должен применяться для ранней диагностики (первые дни заболевания). Если обнаруживается двустороннее периферическое уплотнение или сомнительная рентгенологическая картина — показана компьютерная томография. Многие задают вопрос, рентген показывает коронавирус и видит ли изменения?
Информативность этого метода повышается со временем течения пневмонии. При наличии пневмонии на снимке определяются уплотнения (инфильтраты), как при любой пневмонии. Данный метод при пневмонии COVID-19 лучше использовать для оценки изменений в динамике. Рентгеновский снимок, сделанный вначале болезни и в динамике (его рекомендуют делать каждые 2 дня), покажет уменьшение объема пораженной ткани, постепенное рассасывание очагов и восстановление воздушности. Когда больной находится в стационаре на лечении по поводу пневмонии, рентгенография грудной клетки в отделении реанимации выполняется с использованием передвижного аппарата.
Проводится в стационаре в день поступления. Делают сканирование с использованием высокого разрешения, что дает возможность выявить незначительные изменения и довольно рано. Затем КТ повторяется каждые 2-3 дня при тяжелом состоянии и через 6-7 суток при нетяжелой пневмонии.
Типичные изменения при пневмонии от COVID-19 являются неспецифичными, поскольку обнаруживаются и при других вирусных пневмониях:
Степень изменений в легких зависит от стадии заболевания.
В связи с тем, что до 30% тестов для выявления заболевания могут быть ложноотрицательными, в последнее время медики склоняются к тому, что компьютерная томография является единственным достоверным исследованием при данной инфекции. Томография становится основным методом диагностики вирусной пневмонии — этот диагноз устанавливается даже при отрицательных тестах. Министр здравоохранения РФ заявил, что врачи могут ставить диагноз на основании КТ до получения лабораторных данных.
Предложено обращаться с больными с симптомами COVID-19 и пневмонией, но без лабораторного подтверждения, как с больными с установленной инфекцией лабораторно. Со слов Натальи Колесниковой медицинского директора «Инвитро» компьютерная томография обладает большей чувствительностью, нежели ПЦР-тесты.
В то же время, КТ не позволяет отличить пневмонию, вызванную SARS-CoV-2 от других вирусных пневмоний, а также данные не всегда коррелируют с тяжестью заболевания. Усложняется обследование тем, что не каждая больница располагает компьютерным томографом.
Для большей доступности и пропускной способности КТ кабинетов по приказу департамента здравоохранения Москвы рекомендовано обучать новых специалистов. А для снижения риска распространения инфекции развести потоки больных без подозрения на коронавирусную инфекцию и с подозрением на нее (организовать разные входы и вести прием в разное время). Для приема больных с пневмонией в Москве будут перепрофилированы 40 поликлиник. Эти меры объясняются частотой развития тяжелых форм заболевания. По наблюдениям врачей Москвы осложнения развиваются стремительно (несколько часов) и чаще встречаются на 3-5 день от начала заболевания.
Значительный и быстрый рост числа заболевших коронавирусом привел к появлению «ковидофобии» (страху заразиться или умереть от коронавирусной инфекцией COVID-19) несмотря даже на информацию, что в 80-85 % случаев заболевание протекает в легкой форме. Этому во многом способствует телевидение, показывавшее «горы» трупов в Италии, Испании, США и негативные прогнозы на будущее.
Известно, что тяжелое течение заболевания наблюдается преимущественно у лиц пожилого возраста, имеющих хронические заболевания со стороны легких и сердечно-сосудистой системы, гипертонию, нарушения метаболизма (сахарный диабет), иммунодефицит, гепатит и другие. Риск заболеть увеличивается при контакте с прибывшими из зон высокого риска и несоблюдении карантинных мероприятий. Прогнозная модель как раз и учитывает эти важные параметры: возраст, курение, наличие хронических заболеваний, уровень соблюдения профилактических мер и другие. С целью оценить вероятность и форму течения коронавирусной инфекции (в случае заражения) разработаны специальные компьютерные программы на базе искусственного интеллекта и статистических данных мировых исследований в виде опроса пользователя с определением индекса, показывающего с какой вероятностью человек может заразится и в какой форме он можете перенести коронавирусную инфекцию. Чем индекс ниже, тем вероятность осложнений выше. Пройти такой тест онлайн может каждый желающий здесь.