Решение/комментарий:
[1Он доехал быстрее], (2чем я думал), (3потому что, (4когда я спустился во двор и подошёл к условленному месту), на скамейке под липой уже маячила тёмная фигура).
На месте цифры 1 запятая ставится, так как союз чем отделяет придаточное чем я думал от главного предложения.
На месте цифры 2 запятая ставится, так как она завершает придаточное чем я думал и открывает придаточное обстоятельственное причины потому что на скамейке под липой уже маячила тёмная фигура.
Запятые на месте цифр 3 и 6 выделяют придаточное обстоятельственное времени когда я спустился во двор и подошёл к условленному месту, разрывающее придаточное обстоятельственное причины потому что на скамейке под липой уже маячила тёмная фигура.
Запятые на месте цифр 4 и 5 не ставятся, так как союз и соединяет однородные сказуемые спустился и подошёл.
Указание:
Пунктуация в сложноподчинённом предложении с несколькими придаточными. Пунктуация в сложном предложении с разными видами связи.