В сентябре климат в Сан Томе можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан Томе 26 дождливых и 4 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Сан Томе cчитается местом, некомфортным для посещения.