В сентябре климат в Эль-Фашере можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 35 градусов тепла. В среднем в сентябре в Эль-Фашере 13 дней с переменной облачностью, 11 пасмурных, 5 ясных и дождливый день. Дожди преимущественно слабые.