В сентябре климат в Апартадо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 28 градусов тепла. В среднем в сентябре в Апартадо 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Апартадо cчитается местом, некомфортным для посещения.