В июне климат в Апатитах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 11 градусов тепла. В среднем в июне в Апатитах 16 дождливых, 10 пасмурных, 3 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В июне, а также в январе, феврале, апреле и мае Апатиты cчитается местом, некомфортным для посещения.