В сентябре климат в Малабо можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 25 градусов тепла. В среднем в сентябре в Малабо 28 дождливых, 1 ясный и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Малабо cчитается местом, некомфортным для посещения.