Сентябрь в Мегионе — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Мегионе можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мегионе 18 дождливых, 10 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Мегион cчитается местом, некомфортным для посещения.