В сентябре климат в Попаяне можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Попаяне 29 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Попаян cчитается местом, некомфортным для посещения.