В сентябре климат в Пуэрто-Морелос можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 30 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто-Морелос 22 дождливых и 8 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июне, июле, августе и октябре Пуэрто-Морелос cчитается местом, некомфортным для посещения.