В июне климат в Сёйдауркроукюре можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в июне 9 градусов тепла. В среднем в июне в Сёйдауркроукюре 13 дождливых, 12 пасмурных, 3 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Сёйдауркроукюр cчитается местом, некомфортным для посещения.