В сентябре климат в Афанасьеве можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Афанасьеве 13 дождливых, 9 пасмурных, 4 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, апреле, октябре и ноябре Афанасьево cчитается местом, некомфортным для посещения.