В сентябре климат в Алатыре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Алатыре 13 дождливых, 7 пасмурных, 6 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, октябре и ноябре Алатырь cчитается местом, некомфортным для посещения.