В сентябре климат в Апатитах можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 8 градусов тепла. В среднем в сентябре в Апатитах 18 дождливых, 10 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Апатиты cчитается местом, некомфортным для посещения.