В сентябре климат в Большом Атлыме можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Большом Атлыме 17 пасмурных, 12 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Большой Атлым cчитается местом, некомфортным для посещения.