В сентябре климат в Большом Карлыгане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Большом Карлыгане 17 дождливых, 7 пасмурных, 4 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Большой Карлыган cчитается местом, некомфортным для посещения.