Сентябрь в Чолутеке — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Чолутеке можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Чолутеке 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, августе и октябре Чолутека cчитается местом, некомфортным для посещения.