Июнь в Котабато Сити — самый пасмурный месяц в году. В июне климат в Котабато Сити можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 29 градусов тепла. В среднем в июне в Котабато Сити 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Котабато Сити cчитается местом, некомфортным для посещения.