В июне климат в Гуанахуато можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 24 градуса тепла. В среднем в июне в Гуанахуато 20 дождливых, 5 с переменной облачностью, 4 ясных и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в июле, августе и сентябре Гуанахуато cчитается местом, некомфортным для посещения.