В сентябре климат в Килкисе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 25 градусов тепла. В среднем в сентябре в Килкисе 24 ясных, 5 дождливых и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне и октябре Килкис cчитается местом, комфортным для посещения.