В сентябре климат в Коккайнаре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 23 градуса тепла. В среднем в сентябре в Коккайнаре 28 ясных, 1 дождливый и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае Коккайнар cчитается местом, комфортным для посещения.