В сентябре климат в Кокшетау можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кокшетау 10 ясных, 8 пасмурных, 8 с переменной облачностью и 4 дождливых дня. Дожди преимущественно слабые.