В сентябре климат в Кыргызсае можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кыргызсае 14 ясных, 10 с переменной облачностью, 3 дождливых и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в июле и августе Кыргызсай cчитается местом, комфортным для посещения.