В сентябре климат в Кызыле-Арыг можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кызыле-Арыг 12 ясных, 12 с переменной облачностью и 6 дождливых дней. Дожди преимущественно умеренные.