В июне климат в Малакале можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 30 градусов тепла. В среднем в июне в Малакале 21 дождливый, 8 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в мае, июле, августе и сентябре Малакаль cчитается местом, некомфортным для посещения.