В сентябре климат в Малакановском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 23 градуса тепла. В среднем в сентябре в Малакановском 15 ясных, 10 дождливых и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.